Até o início de 2003, a função de controlo do país esteve formalmente cometida ao Supremo Tribunal de Justiça, nos termos da Lei n.º 8/91, de 9 de Dezembro. Mas, por razões que se prendem com a tecnicidade da jurisdição, controlo financeiro e com a ausência de estruturas e de suporte técnico-administrativo para efeito, o controlo jurisdicional das Finanças Públicas era considerado insuficiente. Dada a necessidade de se pôr termo a esse estado de “coisas” e de restituir a indispensável transparência às contas públicas e à própria aplicação dos bens e dinheiros públicos, conforme exigência dos Estados modernos e democráticos e os princípios universalmente aceites e expressos pela Organização Internacional das Instituições Superiores de Auditoria (INTOSAI), foi criado o Tribunal de Contas de São Tomé e Príncipe.

o Tribunal de Contas é o órgão supremo e independente de controlo da legalidade das receitas e despesas públicas e julgamento das contas que a lei mandar submeter-lhe.

O Tribunal de Contas, como tribunal financeiro, insere-se no poder judicial sendo único na sua ordem.

O Tribunal de Contas integra um Juiz Presidente e dois juízes, a designar nos mesmos termos do Presidente e dos juízes do Supremo Tribunal de Justiça . O Juiz Presidente e os Juízes do Tribunal de Contas poderão ser recrutados de entre licenciados em Direito, Economia, Finanças ou Organização e Gestão, com comprovada experiência nos domínios jurídico – financeiro, judicial ou empresarial.

Os juízes do Tribunal de Contas são independentes e inamovíveis, devem exclusiva obediência à lei e à sua consciência, não estão sujeitos a ordens ou instruções de outros órgãos de soberania e não podem ser afastados do exercício do cargo, salvo a seu pedido, por imposição legal decorrente de pena disciplinar expulsiva ou termo do mandato. Os Juízes do Tribunal de Contas não podem ser responsabilizados pelos seus julgamentos e decisões, salvas as excepções consignadas na lei.

O Juiz Presidente e os Juízes do Tribunal de Contas são equiparados ao Presidente e aos Juízes do Supremo Tribunal de Justiça, gozando nomeadamente para efeitos de categoria, tratamentos e honras, do estatuto àqueles inerente.